目前这项技术已经广泛应用于动植物基因组结构研究、染色体精细结构变异分析、病毒感染分析、人类产前诊断、肿瘤遗传学和基因组进化研究待许多领域。

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单细胞qRT-PCR是在单细胞水平上对基因的表达进行实时定量分析的技术。常规的qRT-PCR所得结果是数以百万计的细胞的平均水平，只能说明基因在一个细胞群中大致的表达情况。

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