在蛋白质组学和结构生物学领域，肽序列分析是研究蛋白质功能、翻译后修饰（PTMs）及其生物学意义的基础步骤。串联质谱（Tandem Mass Spectrometry, MS/MS）因其精确的结构解析能力和广泛的适用性，已成为肽段分析的主流技术方案。本文将梳理串联质谱在肽序列分析中的五大关键优势、应用场景延伸及技术演进趋势。

一、原子级解析能力，直接获得氨基酸序列

串联质谱通过对肽段进行两级以上的离子化与碎裂，生成富含结构信息的碎片离子（如 b/y 离子），进而还原肽段的氨基酸排列。与仅能提供分子量信息的一维质谱相比，MS/MS提供序列层面的直接证据。特别是在CID、HCD、ETD等多种碎裂机制配合下，MS/MS不仅能精确识别主链顺序，还能保留侧链修饰信息，适用于常规肽段、修饰肽、同位素标记肽等多种分析对象。

二、高通量支持，适配大规模蛋白质组实验

在数据依赖采集（DDA）或数据独立采集（DIA）模式下，串联质谱能够在一次分析中获取成千上万条肽段碎裂图谱。结合数据库搜索引擎与de novo算法，可在数小时内解析上万个肽段序列，大幅提升蛋白质组分析效率。对于需要覆盖完整蛋白质组或追踪蛋白质动态变化的研究（如疾病机制解析、药物作用机制研究），MS/MS的高通量特性使其成为唯一可行的技术路径。

三、优异的灵敏度，检测低丰度肽段信号

低丰度蛋白肽段往往承载重要生物学功能，如信号转导通路中的关键因子或疾病相关标志物。现代串联质谱仪搭载高灵敏检测器、动态离子累积与背景抑制机制，能够从复杂背景中有效提取低丰度信号。与此相配合的预富集策略（如免疫沉淀、金属离子亲和捕获等）进一步提高了靶标肽段的检测概率，特别适用于单细胞样本、体液标志物筛查及微量蛋白质组研究。

四、精准识别翻译后修饰位点

肽段的生物学功能很大程度上取决于其是否被修饰及修饰位置。串联质谱通过分析带修饰基团的碎片离子（如磷酸化相关的中性丢失离子或乙酰化特征离子），可定位修饰残基并确认修饰类型。此外，MS/MS支持多重修饰并存情况下的位点判定，是当前研究磷酸化网络、泛素化降解信号、多肽乙酰化修饰分布等关键工具。

五、高度兼容性，适配多种组学平台

串联质谱可灵活整合多种前处理与数据分析流程，支持从“靶向定量”到“全组学探索”的不同研究目标。例如，它可嵌入蛋白互作研究（如crosslink-MS）、抗体亲和筛选、免疫肽组学、单细胞蛋白质组学等新兴应用场景。其数据输出可直接对接生信工具进行可视化、通路富集分析或机器学习建模，具备极强的可扩展性和交叉学科适应能力。

应用场景延伸与技术演进趋势

随着质谱分辨率提升与碎裂技术更新，串联质谱在蛋白质组学领域的精度与通量持续提高。当前的研究热点包括：

• 肽段de novo测序：在无数据库情况下恢复全序列；
• 高通量PTM图谱构建：系统识别与量化多种修饰；
• 定量蛋白质组分析：结合TMT、iTRAQ等标记策略；
• 多维分离耦合MS/MS：提升复杂样本分辨能力。

串联质谱凭借其结构解析深度、分析通量与生物信息整合能力，已成为肽段分析的核心技术平台。在蛋白质组学日益复杂与精细化的背景下，MS/MS提供了从序列识别到功能注释的全链条支持，为探索生命奥秘提供强大动力。作为专业的蛋白质组服务提供商，百泰派克生物科技在串联质谱平台建设与肽段解析方法开发方面积累了丰富经验，已为众多科研项目提供稳定、可重复的高质量数据。我们致力于用专业能力提升客户科研效率，推动生命科学研究向更高水平迈进。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

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