赖氨酸乙酰化（Lysine acetylation）是一种关键的翻译后修饰（PTM），广泛参与染色质重塑、代谢调节、信号传导等核心生命过程。尽管其生物学功能已被逐步揭示，但由于乙酰化修饰通常丰度低、动态性强，且与组织状态紧密相关，如何实现高灵敏、高通量且具有良好重现性的定量分析，仍是该领域亟待解决的技术难题。近年来，TMT（Tandem Mass Tag）标记技术凭借其多重并行分析能力、高重现性和适配高分辨质谱平台的特性，被广泛应用于蛋白质翻译后修饰定量研究，尤其在乙酰化修饰的定量分析中表现出独特优势。通过TMT标记结合抗体富集策略，科研人员可在一次实验中同步检测多个样本的乙酰化谱图，极大提升实验效率和数据可信度。然而，TMT定量也面临诸多挑战：乙酰化修饰丰度低导致富集难度增加、同位素干扰引发比值压缩效应、修饰位点定位准确性受限，以及实验成本高、数据解析复杂等问题，均可能影响乙酰化修饰数据的可靠性与生物学解释力。

一、TMT标记的原理与适用于乙酰化定量的技术优势

1、多重并行定量能力（Multiplexing）

TMT试剂最多支持18重标记（TMTpro 18plex），可在一次LC-MS运行中并行分析多个生物样本。这对时间敏感性强、样本量有限或需多组学对比的乙酰化研究尤为重要。例如，在时间序列分析中，可同时分析多个时间点下的乙酰化变化，极大提升实验效率与数据可比性。

2、提高检测灵敏度与重现性

乙酰化肽段往往丰度极低，难以直接检测。TMT标记后的样本可合并进行抗体富集与前处理，提高富集效率，减少操作误差，进一步提升低丰度乙酰化肽段的检出率。此外，在Orbitrap等高分辨质谱平台下，TMT标签可通过MS2或MS3级联扫描实现精确定量，保证数据质量的准确性与重现性。

3、有利于动态修饰谱图构建

结合TMT标记与乙酰化特异性抗体，可绘制不同处理条件、组织类型或疾病状态下的乙酰化动态谱图，为研究表观调控机制提供数据基础。

二、TMT赖氨酸乙酰化面临的挑战

1、乙酰化修饰本身的低丰度限制

尽管TMT可提升整体灵敏度，但乙酰化修饰的天然低丰度特性仍是分析瓶颈，尤其在复杂样本中更易被高丰度蛋白肽段淹没。如何优化样本前处理和富集策略，是影响TMT乙酰化定量成败的关键。

2、同位素干扰与比值压缩效应（Ratio Compression）

TMT定量依赖报告离子信号强度进行计算。当共洗脱的肽段共用同一质量窗口进入质谱检测时，易产生比值压缩现象，即真实的表达差异被低估。这在研究低丰度修饰时尤为突出。

当前常用的缓解方法包括：

（1）使用MS3扫描模式（如SPS-MS3）以提高定量精度；

（2）优化色谱分离以减少共洗脱；

（3）控制样本输入量与标签标记质量。

3、乙酰化修饰位点定位不确定性

乙酰化修饰往往发生在赖氨酸残基，部分肽段中含有多个潜在修饰位点，位点定位精度直接影响下游功能注释的可靠性。提高碎片谱质量和使用改进的搜索算法（如PTMProphet、Ascore）是解决之道。

4、成本与实验复杂度

TMT试剂价格相对较高，且多步骤的标记、富集、质谱分析对实验人员的技术水平与平台配置要求较高。实验过程中的批次效应控制与质量监控体系同样不容忽视。

三、实践建议：如何优化TMT赖氨酸乙酰化实验设计

1、样本前处理：蛋白提取应尽量保持修饰状态稳定；推荐使用HDAC抑制剂以避免乙酰化修饰丢失。

2、富集策略选择：使用高特异性的抗乙酰化赖氨酸抗体，并结合多轮富集可提高修饰肽段覆盖率。

3、技术平台选择：优先选择具备MS3能力的Orbitrap质谱平台，配合高分辨分离策略。

4、数据分析流程：选择支持PTM分析的软件工具（如Proteome Discoverer、MaxQuant），并加入修饰位点定位可信度评估。

四、百泰派克生物科技在TMT乙酰化定量中的技术优势

在百泰派克生物科技，我们已建立成熟的TMT-LysAc定量蛋白质组学平台，涵盖样本制备、标记策略优化、抗体富集、质谱分析与深度数据挖掘一体化服务：

（1）自研高通量前处理流程，保证修饰位点稳定性与富集效率；

（2）配备Orbitrap Eclipse + FAIMS等顶级质谱平台，支持SPS-MS3模式，实现更精确的乙酰化定量；

（3）拥有专业数据分析团队，支持多维修饰组学与生物信息学整合分析，助力机制研究与靶点发现。

我们已成功协助多家科研机构完成复杂表观蛋白组学研究项目，包括肿瘤、神经退行性疾病、代谢病等方向，积累了丰富的实践经验。

赖氨酸乙酰化作为表观调控的重要环节，正逐渐成为生命科学研究的热点。TMT标记以其多重并行、高灵敏度和良好重现性等优势，为低丰度修饰的定量研究提供了强有力的工具。尽管仍面临比值压缩、定位不准等挑战，但通过合理的实验设计与平台选择，这些问题可被有效克服。未来，结合AI辅助数据挖掘、多组学融合分析及临床转化需求，TMT-LysAc定量将释放更大潜力，助力科学家深入揭示蛋白修饰的生物学意义。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

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5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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