乙酰化作为重要的翻译后修饰（PTM），在染色质重塑、代谢调控及信号转导中发挥关键作用。随着质谱技术的持续进步，乙酰化蛋白组学研究正不断深入。然而，由于乙酰化修饰常呈低丰度、瞬时性及动态变化特征，如何提升其定量分析的灵敏度与特异性，成为科研人员面临的核心挑战。

一、样本处理：蛋白提取与抑制脱乙酰化反应

乙酰化修饰极易受到细胞裂解后内源性酶活性的影响，在样本处理阶段必须有效抑制去乙酰化酶（HDAC）活性。建议操作如下：

1、使用含有 HDAC抑制剂（如Trichostatin A、Nicotinamide） 的裂解缓冲液；

2、低温快速裂解，避免反应时间过长；

3、优化蛋白浓度和总量，避免稀释导致修饰蛋白难以检出。

此外，避免SDS等对抗体结合有干扰的表面活性剂，可提升后续富集效率。

二、修饰肽富集：关键步骤决定检测灵敏度

由于乙酰化肽在总肽池中所占比例极低，高效且特异的富集是灵敏检测的前提。目前主流策略包括：

1、抗乙酰赖氨酸抗体亲和富集

（1）利用抗乙酰赖氨酸（anti-Kac）单抗进行亲和纯化，是目前最常用方法；

（2）推荐选择单克隆抗体结合Protein A/G磁珠体系，比传统琼脂糖珠具有更高的结合效率和重复性；

（3）抗体来源应选择经过质谱验证的商业品牌或成熟定制产品。

2、化学衍生与特异亲和策略（探索性）

（1）使用氨基亲和材料结合异硫氰酸酯衍生化，可靶向含乙酰基肽段；

（2）该类方法目前仍处于探索阶段，适用于对特定位点进行深度挖掘的研究。

三、乙酰化蛋白的定量策略

乙酰化蛋白的定量方法主要分为两大类：稳定同位素标记法（如TMT/iTRAQ）与无标记定量法（Label-Free）。

1、TMT/iTRAQ多肽标记法

（1）优点：可实现多样本并行分析，定量精度高；

（2）挑战：乙酰化肽丰度低，标记效率受限；

（3）优化建议：在标记前先进行抗体富集，再清洗掉未反应肽，提升标记效率与重现性。

2、无标记定量（Label-Free Quantification）

（1）适合样本量有限或实验预算有限的项目；

（2）配合高分辨质谱平台（如Orbitrap Exploris 480）和精准对齐算法，可达到媲美标记法的定量一致性。

四、质谱平台与数据分析：仪器配置决定定量深度

1、高分辨率质谱仪的必要性

（1）Orbitrap Fusion Lumos、Exploris系列具备高灵敏度与动态范围，适合乙酰化肽分析；

（2）推荐使用HCD高能碰撞诱导碎裂模式，提高b/y离子的识别效率。

2、数据处理策略

（1）使用MaxQuant、Proteome Discoverer等支持PTM定量的专业软件；

（2）合理设置FDR阈值、肽段长度、乙酰化位点局部化概率（Localization Probability > 0.75）；

（3）可引入机器学习模型进行特征过滤与功能富集分析，进一步提升生物学解读价值。

五、总结与百泰派克解决方案

乙酰化蛋白定量的灵敏度与特异性，取决于从样本处理到质谱检测每一个环节的协同优化。下表总结了提升策略：

乙酰化作为真核生物中最常见的翻译后修饰之一，在调控转录、代谢和信号转导通路中扮演着核心角色。随着蛋白质组学技术特别是质谱平台的飞跃发展，研究人员得以更系统地揭示蛋白乙酰化在各种生理和病理过程中的功能。百泰派克生物科技基于十余年蛋白质组学经验，建立了一整套乙酰化蛋白定量分析平台，支持从样本前处理到生物信息分析的一站式服务，广泛应用于肿瘤代谢、表观调控、信号转导等研究领域。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

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6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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