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通过新一代高通量测序，能够全面快速地获得某一物种特定组织或者器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息，已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。
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利用MeDIP技术富集甲基化的DNA片段，再利用大规模测序技术测序。研究者可以较小的数据量，快速高通量地发现靶基因组上的甲基化区域。
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新一代测序技术提供一套全新独特的，适用于各个物种的小RNA深度鉴定与定量分析的研究平台。通过深度的测序，可以发掘、鉴定并定量出任何物种全基因组水平的小RNA图谱，推进了对小RNA功能的研究。
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16S rDNA序列（在所用物种中高度保守）是最常用的细菌分类标准，通过提取环境样品的DNA，并扩增其中16S rDNA基因；通过检测16S rDNA 的序列变异和丰度，反映环境样本中细菌的分类和丰度
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基因转录水平的研究是功能基因组学和医学研究的基础。数字基因表达谱利用新一代高通量测序技术和高性能计算分析技术，通过全面、经济、快速地检测某一物种特定组织在特定状态下的基因表达情况。
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基因组denovo测序即从头测序，是不依赖于任何参考序列对某物种进行测序，通过生物信息学分析手段进行拼接、组装，从而获得该物种全基因序列图谱。一个物种基因组序列图谱的完成，将带动该物种一系列后续研究。
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