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贝瑞和康单细胞RNA-Seq再创佳绩

作者:北京贝瑞和康生物技术有限公司 2016-04-15T16:04 (访问量:3657)

贝瑞和康公司助力中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所景乃禾研究组,20163月在国际知名学术期刊《细胞》子刊Developmental Cell》上发表最新研究成果Spatial Transcriptome for the Molecular Annotation of Lineage Fates and Cell Identity in Mid-Gastrula Mouse Embryo”,该文章被选为该刊当期的亮点文章。该研究运用低起始量单细胞RNA-Seq结合激光显微切割等先进技术,绘制了小鼠早期发育原肠运动中期精细的胚胎三维分子图谱,并系统揭示了小鼠细胞谱系蓝图建立过程中的空间转录组特征、转录因子和信号通路调控网络。

对于低起始量单细胞RNA-Seq高质量文库构建是一个技术难点。项目初期景老师课题组制备的cDNA,在多家商业公司的建库测序结果均不理想:上机产出均一性差、末端测序数据质量快速下降、数据mapping率及冗余度表现不佳。针对这些问题,贝瑞和康研发部专门投入人力开发了贝瑞和康自主的低起始量单细胞RNA-Seq建库流程,最终提交的文库及数据结果令人振奋:文库条带更集中、建库稳定性更好、上机更稳定、测穿reads数的比例较市面上其它同类kit显著降低、末端测序数据Q30显著提高、mapping率大幅提升、冗余度显著降低;同时由于insert为集中,数据认可度及分析可信度都随之提高。

贝瑞和康单细胞RNA-Seq建库优势

l 测序质量好,有效数据所占比例高

贝瑞和康单细胞RNA-Seq测序碱基分布图

市面上其他单细胞RNA-Seq kit测序碱基分布图

贝瑞和康单细胞RNA-Seq insert分布图

 

市面上其他单细胞RNA-Seq kit insert分布图

从上图可以看出,贝瑞和康自主研发的单细胞RNA-Seq文库与市面上其他单细胞RNA-Seq kit相比,均一性更好,测穿reads数少,insert更集中,有效数据所占比例更高,数据认可度及分析可信度更高。

l 末端测序质量稳定,mapping率高,冗余度显著降低

 贝瑞和康单细胞RNA-Seq Q30

市面上其他单细胞RNA-Seq kit Q30

从上图可以看出,贝瑞和康自主研发的单细胞RNA-Seq文库与市面上其他单细胞RNA-Seq kit相比,末端测序数据Q30显著提高、mapping率大幅提升、冗余度显著降低。

贝瑞和康最终提交了一份高分值答卷,得到了彭广敦老师的高度认可和好评:“感谢贵公司这几年来在测序方面的大力支持,给我们细心解决了许多具体问题,合作非常愉快!期待我们还在合作中的下一个工作会更精彩!”

贝瑞和康,专业尽职的服务态度赢得了客户的一致好评,优质卓越的服务质量给了客户最满意的体验。您的成就是我们的动力,我们期待与您共创科研佳绩!

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